JavaScript is NOT enabled !

Východiska: V současné době bylo popsáno již více než 200 nádorových syndromů. Ve většině populací jsou však dostupné pouze informace o mutačním spektru ve vysoce rizikových genech limitované počtem vyšetřených jedinců. Metody: V rámci retrospektivní NGS studie v Masarykově onkologickém ústavu bylo provedeno vyšetření TruSight Cancer panelem zahrnujícím 94 genů u 50 vysoce rizikových jedinců se závažnou osobní i rodinnou anamnézou onkologického onemocnění bez detekované kauzální mutace v genech BRCA1, BRCA2, MLH1, MSH2, MSH6, TP53 nebo APC dle indikace. Všechny patogenní nebo pravděpodobně patogenní mutace detekované pomocí NGS technologie byly potvrzeny Sangerovým sekvenováním. Výsledky: Ztrátové (frame-shift, nonsense) mutace byly detekovány v genech ATM, BAP1, FANCC, FANCI, PMS2, SBDS, ERCC2, RECQL4. Několik patogenních nebo pravděpodobně patogenních mutací (missense, predikované sestřihové mutace, in-frame delece/inzerce) bylo zachyceno v genech ATM, BRIP1, CDH1, CHEK2, ERCC2, ERCC3, ERCC4, FANCA, MC1R, MEN1, MRE11A, MUTYH, PALB2, RAD51C, RET, SDHB, STK11. Nacházejí se ve vysoce konzervovaných funkčních doménách proteinů a některé z nich již byly prokázány jako patogenní mutace pomocí funkčních testů nebo u závažných autozomálně recesivních syndromů (Ataxia telangiectasia, Fanconiho anémie). Většina z detekovaných missense variant v řadě dalších genů je nejasného klinického významu a determinace jejich významnosti zůstává otevřená do budoucna. Závěr: Detekce variant se střední nebo nízkou penetrancí má pouze limitovanou klinickou využitelnost. Panelové testování u vysoce rizikových osob s nádorovým onemocněním může poskytnout důležitou informaci o příčině nádorové predispozice a může pomoci s výběrem optimální léčby a v preventivní personalizované onkologii.

Background: Currently, more than 200 hereditary cancer syndromes have been described, yet, in most countries genetic testing is restricted to a narrow spectrum of genes within a limited group of people tested. Methods: For this retrospective study we used the TruSight cancer panel (Illumina) – NGS panel targeting 94 cancer predisposition genes in order to analyze 50 high-risk cancer patients with significant personal and family history of cancer who did not carry mutations in BRCA1, BRCA2, MLH1, MSH2, MSH6, TP53 or APC genes. All pathogenic and potentially pathogenic mutations detected by NGS technology have been confirmed by Sanger sequencing. Results: There were several deleterious (frame-shift/nonsense) mutations detected in ATM, BAP1, FANCC, FANCI, PMS2, SBDS, ERCC2, RECQL4 genes. Various pathogenic or potentially pathogenic (missense, predicted splice site, in-frame insertion/deletion) mutations were detected in ATM, BRIP1, CDH1, CHEK2, ERCC2, ERCC3, ERCC4, FANCA, MC1R, MEN1, MRE11A, MUTYH, PALB2, RAD51C, RET, SDHB, STK11. These mutations affect highly conserved protein domains and affect their function as proved by the available functional assays. They were confirmed to be pathogenic as an „Parent No2 “ in serious recessive diseases such as Ataxia telangiectasia or Fanconi anemia. The clinical significance of the majority of detected missense variants still remains to be identified. Conclusion: Moderate or low penetrance variants are of limited clinical importance. Panel genetic testing in high-risk individuals with cancer provides important information concerning the cause of the investigated cancer, and may assist in the risk assesment and optimal management of the cancer, as well as in further preventive care. Key words: hereditary cancer syndromes – hereditary breast and ovarian cancer syndrome – hereditary nonpolyposis colorectal cancer – high-throughput DNA sequencing – TruSight cancer panel – MiSeq This work was supported by MH CZ – DRO (MMCI, 00209805) and by the State budget project of CR (OP VaVpI – RECAMO CZ.1.05/2.1.00/03.0101). The authors declare they have no potential conflicts of interest concerning drugs, products, or services used in the study. The Editorial Board declares that the manuscript met the ICMJE recommendation for biomedical papers. Submitted: 20. 8. 2015 Accepted: 22. 9. 2015

Online article

Vyšetření mutací genů BRCA1 a BRCA2 v nádorových tkáních – možnosti a limitace
[Testing of mutations in BRCA1 and BRCA2 genes in tumor tissues - possibilities and limitations]

Česko-slovenská patologie a Soudní lékařství. 2016 ; 52-61 (4) : 210-214.

ISSN 1210-7875
Medvik
Source

Rozvoj cílené biologické léčby nádorových onemocnění je spojen s vyhledáváním markerů umožňujících predikovat odpověď na příslušný lék. V poslední době se zájem soustředí na karcinomy ovaria a novou terapii inhibitory proteinů poly(ADP-ribose)polymerázy (PARP), jaderných enzymů podílejících se na opravě jednovláknových zlomů DNA. Největší prospěch z podávání PARP inhibitoru mají pacientky s patogenní či potenciálně patogenní zárodečnou nebo somatickou mutací BRCA1 a BRCA2, genů zodpovědných za reparaci dvouvláknových zlomů DNA. V genech BRCA 1/2 je popsáno široké spektrum mutací od jednobodových záměn až po rozsáhlé delece, zahrnující někdy i několik exonů. Na rozdíl od testování zárodečných mutací, jež je již mnoho let prováděno na pracovištích lékařské genetiky, somatické mutace doposud testovány nebyly. Detekce mutací BRCA1 a BRCA 2 v nádoru se výrazně liší od diagnostiky germinálních mutací, ve srovnání s analýzou vzorků DNA z krve naráží na problémy vyplývající zejména z nerovnoměrného zastoupení nádorových buněk ve tkáni, heterogenity s přítomností více klonů nádorových buněk a infiltrace nenádorovými elementy, stejně tak jako na obtíže spojené s různě bohatou frakcí apoptotických a nekrotických buněk, které snižují průměrnou kvalitu izolované DNA. Z hlediska vyšetřovacích metodik se díky své komplexitě, rychlosti implementace do rutinního provozu a citlivosti detekce pro účely diagnostiky mutací BRCA 1/2 jeví jako nejvýhodnější metoda NGS. Při zavádění do rutinní laboratorní praxe musí být primárně kladen důraz na zajištění systému kontroly kvality. Vzhledem k velké pravděpodobnosti nálezu dosud nereportovaných změn v genech BRCA 1/2 by také bylo velmi výhodné vytvořit sdílenou databázi nalezených somatických variant v rámci ČR.

Development of targeted cancer therapy is accompanied by a search for markers allowing prediction of response to the particular treatment. Recently, the interest is focused, among other neoplasms, also on the therapy of ovarian cancer using new inhibitors of poly (ADP-ribose) polymerase (PARP) proteins, nuclear enzymes involved in the repair of single-stranded DNA breaks. The greatest benefit from the administration of PARP inhibitors have patients with a deleterious or potentially deleterious germ-line or somatic mutation of BRCA1 or BRCA2, two genes responsible for repair of double stranded DNA breaks. There has been described a wide spectrum of mutations of BRCA 1/2, from point substitutions to large deletions, including sometimes even several exons of the gene. Unlike the testing of germ-line mutations provided for many years by the medical geneticists, somatic mutations in the tumor tissue have not been routinely tested so far. Detection of BRCA1/2 mutations in the tumor is significantly different from testing of germ-line mutations. In comparison with the analysis of DNA isolated from blood samples, testing of DNA isolated from the FFPE tissue encounters challenges based on heterogeneous representation of tumor cells in the tissue samples, on the presence of multiple neoplastic clones and on the infiltration of tissue by the non-neoplastic elements, as well as difficulties caused by variable proportion of apoptotic and necrotic cells deteriorating the overall quality of isolated DNA. Regarding the testing methods, NGS appears to be the optimal choice because of its complexity, speed of implementation into routine diagnostics as well as sensitivity for detection of a BRCA 1/2 mutations. When introduced into everyday laboratory practice, the functioning quality control system is of utmost importance. Provided there is a high probability of detection of the so far unreported variations in BRCA 1/2 genes, an introduction of a shared database of somatic variants diagnosed in the Czech Republic would be of enormous benefit.

MeSH
Biological Therapy MeSH
DNA analysis genetics MeSH
Genes, BRCA1 * physiology MeSH
Genes, BRCA2 * physiology MeSH
Clinical Trials, Phase II as Topic MeSH
Humans MeSH
Mutation * genetics MeSH
Ovarian Neoplasms genetics pathology MeSH
Poly(ADP-ribose) Polymerase Inhibitors therapeutic use MeSH
Sequence Analysis, DNA methods utilization MeSH
Check Tag
Humans MeSH
Publication type
Research Support, Non-U.S. Gov't MeSH

Report

Studium exprese, epigenetických změn a mutací HNF-1beta v nádorech a nenádorových lézích ženského genitálu

Dundr, Pavel
Author Authority ORCID
Univerzita Karlova. Lékařská fakulta, 1
Author Authority

2016

Závěrečná zpráva o řešení grantu Interní grantové agentury MZ ČR

1 svazek : ilustrace, tabulky ; 30 cm

Navrhovaný projekt se primárně zaměřuje na studium exprese, mutace a epigenetických změn HNF-1ß v některých karcinomech ženského genitálu. Studie bude prováděna na bioptických vzorcích vyšetřených a archivovaných na našem pracovišti. Tato tkáň se odebírá v rámci diagnostických nebo terapeutických zákroků a je vyšetřena v rutinním bioptickém provozu, ať už v minulých letech (v období 2006-2012), nebo v průběhu studie. Celkem se bude jednat o 250-300 vzorků od 220-250 pacientek. Zařazení vzorků do studie je podmíněno podepsáním informovaného souhlasu. Vzorky budou anonymní a v rámci studie nebude možná identifikace jednotlivých pacientek. Metodika bude ve všech případech zahrnovat imunohistochemickou analýzu exprese proteinu. Ve vybraných případech bude provedena analýza real-time PCR s metyl-profilujícími primery ke zjištění metylačního stavu genu. Detekce mutací genu HNF-1ß bude provedena asi u 120 případů vybraných nádorů metodou sekvenační analýzy.; The primary objective of the project is to studying of HNF-1 beta expression, mutation and epigenetic changes in some carcinomas of female genital tract. This study will be performed using analysis of archival tissue samples bioptically examined in our department, either in the past during the years 2006-2012, or during the study (2013-2015). Including of the samples in the study is subject to obtaining of informed consent. Total number of samples examined is supposed to be 250-300 (from 220-250 patients). All samples will be anonymised. Methodology includes in all cases immunohistochemical analysis of protein expression. In selected cases, Real-Time PCR analysis will be performed with methyl-profiler primers for analyzing the DNA methylation status of CpG islands. Detection of mutation HNF-1 beta gene will be performed by sequenation analysis.

Conspectus
Gynekologie. Porodnictví
NML Fields
gynekologie a porodnictví
onkologie
genetika, lékařská genetika
NML Publication type
závěrečné zprávy o řešení grantu IGA MZ ČR

Online article

Přínos moderní genetiky pro pediatrickou praxi
[Utility of modern diagnostic genetic methods in clinical pediatrics]

Pediatrie pro praxi. 2015 ; 16 (2) : 98-102.

ISSN 1213-0494
Medvik
Source

Ke standardním postupům při molekulárně genetických analýzách biologického materiálu se postupně i v pediatrické genetické praxi zavádí metoda sekvenování nové generace (NGS) a mikroarray techniky. Ve srovnání s klasickou „cílenou“ genetickou indikací zaměřenou na konkrétní část DNA tyto metody přinášejí možnost detekce celého lidského genomu s vysokým rozlišením, čím se rozšiřuje potenciál objevení genetické příčiny různých klinických diagnóz. Analýza chromozomů pomocí techniky mikroarray (CMA) představuje moderní diagnostickou metodu, ktera umožňuje odhalit genomické abnormality týkající se široké škály poruch psychomotorického a mentálního vývoje, mnohočetných kongenitálních malformací a problémů s učením a chováním u dětí. CMA zahrnuje metodu CGH array (komparativní genomická hybridizace) a SNP (single nucleotide polymorphism) array. Obě metody umožňují detekci genomických variant CNV (copy number variants, variabilita počtu kopií určitých sekvencí), jakými jsou mikrodelece či mikroduplikace. Frekvence záchytu CNV je nejvyšší (20–25 %) ve skupině dětí se středně těžkým až těžkým stupněm mentální retardace v kombinaci s kongenitálními anomáliemi nebo dysmorfickými črtami. Navíc se změna CNVs nachází i u 5 –10 % případů autistických dětí, opět častěji v kombinaci s nápadným fenotypem. V diagnostickém procesu u dětí s mentální retardací a poruchami řeči, vývoje, učení a chování se tyto moderní genetické technologie postupně stávají metodou první volby, jelikož můžou přinést cenné diagnostické informace u takto postižených dětí a jejich rodin.

Next generation sequencing (NGS) and microarray analysis are being used with increasing frequency in pediatric genetic research. Compared with traditional „targeted“ genetic analyses that focus on a limited portion of the human genome, these methods produce significantly larger quanties of data, increasing the potential for wide-ranging and clinically meaningful applications. Chromosomal microarray analysis (CMA) has emerged as a new useful diagnostic method to identify genomic abnormalities associated with a wide range of developmental delay including mental retardation, congenital malformations, cognitive and language impairment as whole as multiple congenital abnormalities. CMA includes array comparative genomic hybridization (CGH) and single nucleotide polymorphism (SNP) arrays. Both methods are powerful for detection of genomic copy number variants (CNV) such as microdeletions or microduplications. Genomic abnormalities occur with the highest frequency (20–25 %) in children with moderate to severe mental retardation combined with congenital malformations or dysmorphic features. However, disease-causing CNVs are found in 5 –10 % children with autistic spectrum disorders and atypical phenotypes. Nowadays CMA should replace classical karyotype examination as the first-tier test for genetic evaluation of children with developmental and behavioral delay. Potent new genetic technologies may discern important diagnostic information in this group of children and their families. congenital anomalies, autism.